في ظل السرية العسكرية الإسرائيلية، والنفي الرسمي العربي لوجود أخطار من مفاعل ديمونا مقروناً بعدم السماح بالإطلاع على نتائج البحوث والمراقبة الخاصة بالإشعاع، فإن محاولة تحليل الوضع البيئي الحقيقي للمفاعل تعتمد بشكل رئيسي على الحالات النادرة التي يتم فيها خرق حاجز الصمت من قبل بعض الإسرائيليين أنفسهم، وهم الأقرب إلى المفاعل وإلى معرفة حالته.
وحسب التقارير الداخلية التي صيغت في ديمونا، وكشفتها صحيفة "يديعوت أحرونوت" الإسرائيلية عام 2001، رغم الرقابة العسكرية، فان المفاعل النووي يعاني من ضرر خطير ينبع من إشعاع نيوتروني. ويحدث هذا الإشعاع أضراراً بالمبنى المحكم السداد للمفاعل: فالنيوترونات تنتج فقاعات غازية صغيرة داخل الدعامات الخرسانية للمبنى، مما يجعله هشاً وقابلاً للتصدع. ويقول تقرير انه بالرغم من استبدال بعض الأجزاء فان هناك خلافاً جدياً حول ما اذا كان من الأفضل وقف العمل في المفاعل بشكل تام قبل وقوع الكارثة.
الخطر الهائل الذي يمثله مفاعل ديمونا لا يقتصر على ذلك. فالصور التي وفرها قمر اصطناعي روسي عام 1989 تظهر، في التحليل، أن المنشأة تعاني من مشكلة تلوث خطيرة. والصور التي التقطتها كاميرا من نوع "اميكي4" تعمل بالأشعة ما تحت الحمراء، تتيح للعلماء الفصل بين الوحدات الحقيقية في المفاعل والوحدات التمويهية. ومن تكبير الصور إلكترونياً يتبين أن منطقة استنبات غير طبيعي تقع غربي المفاعل. وحسب التقارير، فان هذه المواقع هي التي تعالج فيها نفايات المفاعل.